Na terenie IFJ PAN obowiązuje segregacja odpadów. Odpady należy wrzucać do konkretnej grupy: metale i tworzywa sztuczne, papier, szkło, odpady biodegradowalne oraz odpady zmieszane.
Na terenie Instytutu obowiązuje bezwzględny zakaz pozostawiania odpadów, które nie zostały wytworzone w Instytucie i pochodzą z prywatnych gospodarstw domowych. Pozostawienie odpadów w niedozwolonych miejscach jest ścigane przez Policję i podlega karze grzywny z art. 75 Kodeksu Wykroczeń do 500 złotych.
Osoby będące świadkami w procederze wyrzucania prywatnych odpadów na terenie IFJ PAN proszone są o jak najszybsze poinformowanie pracowników Działu Ochrony Obiektów i Mienia (tel. 8143) o zaistniałej sytuacji.