Instytut Fizyki Jądrowej im. Henryka Niewodniczańskiego (IFJ PAN) jest jednym z największych instytutów Polskiej Akademii Nauk, posiadającym kategorię A+ w dyscyplinie nauki fizyczne. Jest to najwyższa kategoria naukowa, przyznana Instytutowi przez Ministerstwo Edukacji i Nauki, aktualnie, już po raz trzeci. Instytut, jako członek Krakowskiego Konsorcjum Naukowego im. Mariana Smoluchowskiego "Materia-Energia-Przyszłość" uzyskał także status Krajowego Naukowego Ośrodka Wiodącego (KNOW) na lata 2012-2017.
W 2017 roku Komisja Europejska przyznała IFJ PAN prestiżowe wyróżnienie „HR Excellence in Research” jako instytucji stosującej zasady „Europejskiej Karty Naukowca” i „Kodeksu Postępowania przy rekrutacji pracowników naukowych”.
Instytut prowadzi badania podstawowe i aplikacyjne w obszarze fizyki oraz nauk pokrewnych. Korzystając z najnowszych osiągnięć technologii i informatyki w IFJ PAN, prowadzone są badania struktury materii i własności oddziaływań fundamentalnych od skali kosmicznej po wnętrza cząstek elementarnych.
W dziedzinie badań podstawowych, stanowiących główne zadanie Instytutu, teoretyczne i eksperymentalne prace badawcze prowadzone są w czterech głównych kierunkach:
Przeważająca część badań prowadzonych w Instytucie realizowana jest we współpracy z czołowymi ośrodkami badawczymi w kraju i za granicą, tak uniwersyteckimi, jak i z jednostkami badawczymi. Nasi fizycy i inżynierowie aktywnie uczestniczą w pracach przy budowie, obsłudze i modernizacji eksperymentów i wielkich międzynarodowych infrastruktur badawczych, takich jak Large Hadron Collider (LHC, CERN, Genewa; eksperymenty ALICE, ATLAS i LHCb), Europejski Laser na Swobodnych Elektronach (E-XFEL, Hamburg), European Spallation Source ERIC (ESS ERIC, Lund, Szwecja), Système de Production d’Ions Radioactifs Accélérés en Ligne (SPIRAL2, GANIL, Caen, Francja), Facility for Antiproton and Ion Research(FAIR, Darmstadt), Cherenkov Telescope Array (CTA), Pierre Auger Observatory (Argentyna), International Thermonuclear Experimental Reactor (ITER, Cadarache, Francja) oraz Belle2 (KEK, Tsukuba, Japonia).
Wiele z projektów i przedsięwzięć realizowanych przez Instytut jest również wpisanych na Polską Mapę Infrastruktury Badawczej (PMIB) ogłoszoną przez MNiSW. Mapa, ma za zadanie przedstawienie faktycznego potencjału polskiej nauki i wytypowanie najlepszych, najbardziej wartościowych przedsięwzięć naukowych opartych na najbardziej doskonałej aparaturze składającej się finalnie na szeroko rozumianą infrastrukturę badawczą.
Instytut dysponuje urządzeniami badawczymi dostępnymi dla środowiska naukowego polskiego i zagranicznego. Posiadamy między innymi klaster aparaturowy pn. "Środowiskowa infrastrukturabadawcza IFJ PAN dla badań interdyscyplinarnych”, posiadający status Specjalnego Urządzenia Badawczego.
Chlubą Instytutu jest wybudowany z wykorzystaniem środków europejskich, uruchomiony i wdrożony do użytku w latach 2013-2016, na bazie izochronicznego cyklotronu Proteus 235, nowoczesny ośrodek przeznaczony do celów medycznych i do badań naukowych - Centrum Cyklotronowe Bronowice (CCB). Od listopada 2016 r., w tym jedynym tego typu ośrodku w Polsce prowadzona jest terapia protonowa guzów nowotworowych, finansowana przez Narodowy Fundusz Zdrowia. Radioterapia protonowa uznawana jest za najbardziej precyzyjną formę radioterapii, maksymalnie oszczędzającą zdrowe tkanki. W Centrum Cyklotronowym Bronowice prowadzone są także międzynarodowe eksperymenty z fizyki jądrowej oraz badania z fizyki medycznej i radiobiologii.
Kadrę Instytutu stanowi blisko ponad 550 osób, w tym: 36 profesorów tytularnych, 81 doktorów habilitowanych, 121 doktorów, a także z górą 163-osobowy zespół wysoko wykwalifikowanych inżynierów i techników.
Rada Naukowa Instytutu posiada uprawnienia do nadawania stopni naukowych doktora i doktora habilitowanego nauk fizycznych.
Instytut Fizyki Jądrowej im. Henryka Niewodniczańskiego Polskiej Akademii Nauk jest jednostką koordynującą Krakowskiej Interdyscyplinarnej Szkoły Doktorskiej (KISD), którą współtworzy z Instytutem Katalizy i Fizykochemii Powierzchni im. Jerzego Habera PAN, Instytutem Farmakologii im. Jerzego Maja PAN, Instytutem Metalurgii i Inżynierii Materiałowej im. Aleksandra Krupkowskiego PAN, Instytutem Mechaniki Górotworu PAN, Instytutem Gospodarki Surowcami Mineralnymi i Energią PAN, Wydziałem Inżynierii Materiałowej i Ceramiki AGH oraz Wydziałem Fizyki i Informatyki Stosowanej AGH.
Wyniki naszych badań publikujemy rocznie w ponad 600 artykułach w recenzowanych, wysoko punktowanych czasopismach naukowych oraz w ponad 100 publikacjach innego rodzaju: monografiach, doniesieniach konferencyjnych oraz raportach. Corocznie Instytut jest organizatorem lub współorganizatorem wielu międzynarodowych i krajowych konferencji naukowych oraz szeregu seminariów i innych spotkań naukowych.
W Instytucie działają cztery akredytowane laboratoria badawcze i pomiarowe świadczące usługi pomiarów dozymetrycznych dawek indywidualnych osób narażonych zawodowo na promieniowanie jonizujące dla około 10 tysięcy klientów z całej Polski, oceny radioaktywności w próbach środowiskowych i materiałowych oraz testowania aparatów RTG i wzorcowania urządzeń dozymetrycznych.