W 2006 roku Dzień Otwarty IFJ PAN odbył się 28 IX w godzinach 8:30 - 15:00 i był częścią Jarmarku Fizycznego, organizowanego w dniach 28 - 30 IX przez Oddział Krakowski Polskiego Towarzystwa Fizycznego.
Odwiedziło nas ponad 1350 osób, które zwiedziły liczne laboratoria Instytutu, oraz wysłuchały interesujących wykładów popularnonaukowych na najbardziej aktualne tematy w fizyce: